農家肥是指農民自行將糞便、廄肥或農作物秸稈等堆制而成的有機肥料。二者之間的區別:
一，是有益微生物差異。 生物有機肥含有大量的有益微生物, 能夠改善土壤的理化性狀, 抑制有害微生物的生長, 促進作物生長; 農家肥微生物含量較少, 有益微生物和有害微生物共生。
二，是肥效較差。 生物有機肥發酵時間短, 腐熟徹底, 養分損失少, 肥效相對較快; 農家肥露天長期堆制, 養分特別是氮素養分損失較多。
三，是安全性差異。 生物有機肥經過有益微生物的作用, 基本消滅了畜禽糞便中原有的對作物有害的蟲卵和病原菌; 農家肥自然發酵, 不受人為因素的控制, 內含對作物生長有害的病蟲。 另外, 生物有機肥經過發酵, 充分腐熟后施入土壤, 不會造成作物燒根燒苗, 而農家肥腐熟不徹底, 用量稍大, 就會出現燒根燒苗, 導致減產。
